ตามระเบียบคณะกรรมการคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย ว่าด้วยการบริหาร การจัดหาผลประโยชน์ และการใช้จ่ายเงินกองทุนภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย พ.ศ. 2560 หมวด 3
ข้อ 19 ให้มีสำนักงานบริหารกองทุนภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยขึ้นภายในกรม และมีอำนาจหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับกองทุน ดังต่อไปนี้
1. เป็นฝ่ายเลขานุการ รับผิดชอบงานธุรการและสนับสนุนการดำเนินงานของคณะอนุกรรมการบริหาร
2. เสนอแผนงานหรือโครงการของกองทุน
3. ดำเนินการเกี่ยวกับการเงินของกองทุน
4. ดำเนินการด้านกฎหมายและคดีของเงินกองทุน
5. จัดทำงบประมาณรายรับ-รายจ่ายประจำปี และแผนการดำเนินงานของกองทุนเสนอต่อคณะอนุกรรมการบริหาร พิจารณากลั่นกรองเพื่อเสนอให้คณะกรรมการ ให้ความเห็นชอบ
6. จัดทำระเบียบ ประกาศ ข้อบังคับ หลักเกณฑ์ วิธีการ และแนวปฏิบัติเพื่อเสนอต่อกรรมการ หรือคณะอนุกรรมการบริหารเพื่อให้เป็นไปตามระเบียบนี้
7. กำกับ ดูแล และติดตามการดำเนินงานให้เป็นไปตามวัตถุประสงค์ของเงินกองทุน
8. ปฏิบัติหน้าที่ตามระเบียบนี้ หรือตามที่คณะกรรมการหรือคณะอนุกรรมการบริหารมอบหมาย