ตามระเบียบคณะกรรมการคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย ว่าด้วยการบริหาร การจัดหาผลประโยชน์ และการใช้จ่ายเงินกองทุนภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย พ.ศ. 2560 หมวด 3

          ข้อ 19 ให้มีสำนักงานบริหารกองทุนภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยขึ้นภายในกรม และมีอำนาจหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับกองทุน ดังต่อไปนี้

          1. เป็นฝ่ายเลขานุการ รับผิดชอบงานธุรการและสนับสนุนการดำเนินงานของคณะอนุกรรมการบริหาร

          2. เสนอแผนงานหรือโครงการของกองทุน

          3. ดำเนินการเกี่ยวกับการเงินของกองทุน

          4. ดำเนินการด้านกฎหมายและคดีของเงินกองทุน

          5. จัดทำงบประมาณรายรับ-รายจ่ายประจำปี และแผนการดำเนินงานของกองทุนเสนอต่อคณะอนุกรรมการบริหาร พิจารณากลั่นกรองเพื่อเสนอให้คณะกรรมการ ให้ความเห็นชอบ

          6. จัดทำระเบียบ ประกาศ ข้อบังคับ หลักเกณฑ์ วิธีการ และแนวปฏิบัติเพื่อเสนอต่อกรรมการ หรือคณะอนุกรรมการบริหารเพื่อให้เป็นไปตามระเบียบนี้

          7.  กำกับ ดูแล และติดตามการดำเนินงานให้เป็นไปตามวัตถุประสงค์ของเงินกองทุน

          8. ปฏิบัติหน้าที่ตามระเบียบนี้ หรือตามที่คณะกรรมการหรือคณะอนุกรรมการบริหารมอบหมาย