ประวัติความเป็นมา         

             กองทุนภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยจัดตั้งขึ้น เมื่อวันที่ 31 มีนาคม 2548 โดยได้งบประมาณจากรัฐบาลตั้งแต่ปีงบประมาณ 2548 โดยพระราชบัญญัติคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย พ.ศ. 2542 มาตรา 76 กำหนดให้จัดตั้งกองทุนภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย ในกรมการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก เพื่อเป็นทุนหมุนเวียนสำหรับใช้จ่ายเกี่ยวกับการดำเนินงานที่เกี่ยวข้องกับการคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย โดยมีคณะอนุกรรมการบริหารกองทุนภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย ซึ่งมีอธิบดีกรมการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก เป็นประธานคณะอนุกรรมการฯ